بعد أن لازم الأهلى عدم التوفيق فى أبطال أفريقيا البطولة المفضلة له وخرج من دور الـ 16 أمام كانو بيلارز النيجيرى بصورة غريبة ومفاجأة غير متوقعة وهو الذى تأهل لنهائى البطولة 4 مرات متتالية أعوام 2005,2006,2007,2008 وحصل على اللقب 3 مرات ولم يوفق عام 2007 فقط .. يشارك الأهلى فى كأس الكونفدرالية وفقاً للنظام الجديد الذى يقضى بضم الفرق الثمانية التى خرجت من دور الـ 16 لدورى الأبطال الى الفرق الثمانية التى صعدت من دور الـ 16 بالكأس الكونفدرالية ويقام بينهما دور الـ 16 الثانى بنظام الذهاب والإياب يصل منها 8 فرق الى دورى المجموعات حيث تضم كل مجموعة 4 فرق ويصعد 4 فرق منها الى دور الـ 4 أول وثان كل مجموعة ..
شارك الأهلى من قبل مرة واحدة فى كأس الاتحاد الكونفدرالية عام 2003 وقت أن كانت تسمى كأس الاتحاد قبل أن تندمج معها بطولة أبطال الكئوس عام 2004 ويصبح مسماها بطولة الكونفدرالية .. وقد بدأ الأهلى المشوار بلقاء فريق النصر الليبى فى ذهاب دور الـ 16 بمدينة بنى غازى مساء الجمعة 16 مايو 2003 وفاز الأهلى 2/1 سجلهما جيلبرتو وحسام غالى وأحرز للنصر اللاعب أحمد مختارى وأدار المباراة الحكم التشادى دانكوش بكار وخاض الاهلى فى هذه المباراة تحت قيادة المدير الفنى الهولندى بونفرير .. وأقيم لقاء الإياب مساء السبت 31 مايو 2003 باستاد القاهرة وأدار المباراة الحكم التونسى محسن بوكثير وانتهى بفوز الأهلى 2/صفر أحرزهما محمد فضل وعادل مصطفى وقاد الأهلى فى هذه المباراة الكابتن فتحى مبروك بعد إقالة الهولندى بونفرير ..
وفى دور الـ 8 واجه الأهلى فريق اينوجورينجرز النيجيرى بمدينة إينوجو يوم السبت 7 سبتمبر 2003 وتعرض الاهلى لأكبر خسارة خلال مشواره الأفريقى صفر/4 بسبب تحامل الحكم هينجارى أمادو من النيجر على الأهلى وأيضاً الأمطار الغزيرة الى هطلت على أرض الملعب السيئة المليئة بالحفر وأيضاً إصابة لاعبى الأهلى بالإرهاق حيث لعب الأهلى مع الزمالك على كأس السوبر المصرى ثم أمام الإسماعيلى فى الأسبوع الأول من الدورى أول سبتمبر والسفر فى اليوم التالى الى نيجيريا بعد رحلة طيران شاقة .. وأقيم لقاء الإياب مساء الاحد 22 سبتمبر باستاد القاهرة وانتهى بالتعادل صفر/صفر بعد أن صادف الأهلى سوء حظ وعدم توفيق وقاد الأهلى فى هذه المباراة البرتغالى تونى أوليفرا الذى تولى المسئولية يوليو 2003 ..
وللمرة الثانية يواجه الأهلى الكرة الأنجولية وكانت المرة الأولى بدورى الأبطال الأفريقى بدور الـ 8 لدورى ابطال أفريقيا عام 2001 حيث التقى مع فريق بتروأتليكو (نادى الأنجوليين فلافيو وجيلبرتو) وأقيم لقاء الذهاب بالعاصمة لواندا يوم الأحد 12 أغسطس وفاز الأهلى 3/1 سجلهم علاء إبراهيم وصنداى واحمد أبو مسلم .. وسجل بيفرو هدف أتليتكو من ضربة جزاء .. ومثل الأهلى عصام الحضرى – أبو المجد مصطفى – وائل جمعه – شادى محمد – سعيد عبد العزيز – هادى خشبه – حسام غالى – صنداى النيجيرى – خالد بيبو – وائل رياض – علاء إبراهيم .. وفى المرحلة الخامسة بدور الـ 8 أقيم لقاء الإياب بين الأهلى وبترو أتليتكو مساء الجمعة 5 أكتوبر باستاد القاهرة وأدار المباراة الحكم المغربى محمد القزاز وخسر الاهلى 2/4 سجل لبترو أتليتكو فلافيو هدفين وكابيلا ولوبيز وسجل للاهلى علاء إبراهيم وتشيرنو .. ومثل الأهلى عصام الحضرى – أبو المجد مصطفى – شادى محمد – إبراهيم سعيد – وائل جمعه – أحمد أبو مسلم – هادى خشبه – وائل رياض – إبراهيم سعيد – هشام حنفى – خالد بيبو – تشيرنو وفى بداية الشوط الثانى خرج أبو المجد مصطفى ولعب علاء إبراهيم ثم خرج خالد بيبو ووائل رياض ولعب وليد صلاح وعلى ماهر ..
الاهلى يسعى الى الفوز بالبطولة الغائبة عن مصر الاهلى يسعى بقوة الى الفوز بكأس الكونفدرالية وهى البطولة الغائبة عن مصر ولم يتمكن أى فريق من الحصول عليها .. وبطولة كأس الاتحاد انطلقت عام 1992 وحتى عام 2003 وفاز به 9 أندية يتقدمهم شببية القبائل الجزائرى 3 مرات والنجم الساحلى مرتين وشوتنج ستارز النيجرى مرة وستيلا كلوب الإيفوارى وانشورانى النيجيرى والكوكب المراكشى المغربى والترجى التونسى والصفاقسى التونسى والرجاء المغربى .. ثم تغير اسم البطولة الى الكونفدرالية بعد دمج كأس الكئوس بها وفاز به 4 فرق الصفاقسى التونسى مرتين 2007,2008 وهارتس أوف هوك الغانى 2004 والجيش الملكى المغربى 2005 والنجم الساحلى التونسى 2006 وبذلك نجد أن 11 فريقاً حصلوا على كأس الاتحاد منها 7 فرق تونسية ..